O território ocupado pelo município de Pederneiras até 1840 estava em poder dos índios. A revolução de São Paulo e Minas Gerais, entre 1841 e 1842, fez com que inúmeros habitantes desses dois estados se embrenhassem pelos sertões, fugindo do recrutamento. Desceram esses retirantes, acompanhando o curso do Rio Tietê (rio das entradas), via de acesso das selvas bandeirantes.

Em 1848 os sertanistas Manoel dos Santos Simões e seus filhos Manuel Leonel dos Santos e João Leonel dos Santos compraram e fizeram o registro de posse das terras na sede paroquial de Botucatu, denominado-as "Fazenda Pederneiras", devido à grande quantidade de pedra-de-fogo encontrada no local.

Nessa época, as pessoas que chegassem a terras inexploradas poderiam conseguir seu registro de posse através do pagamento de dois mil réis à Paróquia de Botucatu, à qual pertencia essa região.

A fazenda e depois povoado de Pederneiras em 24 de abril de 1865, através da Lei nº.90, desliga-se de Botucatu, passando a pertencer ao município de Lençóis. Em 1877, com a doação de um terreno, foi construída a capela de São Sebastião da Alegria e depois foi criada a paróquia, em 21/09/1892, quando tomou posse o 1º vigário, padre Nicolau Scorachio.

Posteriormente, em 28/02/1889, foi elevada à categoria de Freguesia, com a denominação de "Freguesia de São Sebastião da Alegria", ainda subordinada ao município de Lençóis.

Em 1890, inicia-se uma campanha encabeçada pelo Coronel Coimbra, em prol da criação do município. Essa campanha obteve êxito e, por força do decreto estadual de nº174, de 22 de maio de 1891, foi criado o município de São Sebastião da Alegria. Em virtude do decreto estadual nº.316, de 25 de maio de 1895, a denominação do município voltou ao nome primitivo - Pederneiras - que ainda conserva.

A primeira câmara (com 167 eleitores) foi empossada a 29 de setembro de 1892. No ano seguinte, o número de eleitores passou a 250.

A sede municipal foi elevada à categoria de cidade em 19 de dezembro de 1906. A comarca foi criada em 1927. O município foi criado com grande extensão territorial e compreendia os municípios de Reginópolis, Iacanga, Arealva e Boracéia e era, na época, o de maior extensão territorial do Estado.

A estrada de ferro chegou a Pederneiras em 1904 pela Companhia Paulista. A iluminação era precária, feita com lampiões a querosene, havendo um em cada esquina, que eram acesos entre 18 e 21h, todos os dias. A correspondência tinha que ser buscada semanalmente, em Jaú pelo Sr. José Secundo. O abastecimento de água era feito por bomba de recalque no Córrego do Monjolo.

Com a estrada de ferro surgiu o 1º loteamento, ao lado direito do Ribeirão Pederneiras até a estrada de ferro. Com o desenvolvimento da cidade por causa da estrada de ferro, o Dr. Antônio de Almeida Cintra construiu um prédio que cedeu para o funcionamento provisório da Santa Casa Municipal, que teve seu lugar definitivo em 1930. Nessa época, a economia era baseada na fabricação de tijolos, telhas comuns e ladrilhos, em olarias nas fazendas Barreiros, Patos e Macacos.

Em 1904, depois de terminada a construção da ponte metálica da estrada de ferro sobre o Tietê, surgiu a primeira cerâmica de Alberto Borsetto, que produziu as primeiras telhas francesas, usando a ferrovia para transporte.

A telefonia chegou em fins de 1903, pela companhia Rede Telefônica Bragantina e interligava as cidades de Jaú, Barra Bonita, Bica de Pedra ( Itapuí), Bocaina, Brotas, Dois Córregos, Mineiros do Tietê e Pederneiras. Entre 1909 e 1919, Pederneiras teve um grande desenvolvimento: surgiu a Igreja, a ponte de cimento da Avenida Tiradentes, a estrada no prolongamento da Avenida. até o lado de cima da linha, assentamento de guias em várias ruas, limpeza pública, esgotos e água na parte baixa da cidade, o matadouro e o Grupo Escolar Eliazar Braga.

A cidade tinha 3 jornais "Tribuna do Povo" "Atualidade" e "Comércio de Pederneiras". A luz elétrica também veio nessa época com a ajuda de Antônio Florêncio Pereira com a Usina Lajeado.